História farnosti Malacky je úzko spojená s významnými šľachtickými rodmi a architektonickými slohmi, ktoré sa odzrkadlili na jej sakrálnych stavbách.
Františkánsky kostol a kláštor v Malackách
Za čias rodu Balassovcov stál na mieste dnešného františkánskeho kostola renesančný kaštielik. Gróf Pavol IV. Pálfi daroval pozemok františkánom, ktorí tu začali budovať kláštor a kostol.
Práce sa začali v roku 1647 a v roku 1652 mali už františkáni hotový svoj kláštor. Kostol bol dokončený v roku 1653 a 11. októbra dal Pavol Pálfi vyhotoviť donačnú listinu, ktorou daroval františkánskemu rádu kláštor s chrámom.
Kostol je s kláštorom spojený chodbami a chórom. Chrámová loď je v barokovom štýle. Po jej bokoch sú kaplnky a vpredu je zakončená svätyňou, kde je umiestnený hlavný oltár.
Po vstupe do chrámu pozornosť každého návštevníka upúta veľkoleposť hlavného oltára. Pochádza z prvej polovice 18. storočia. Celý je vyrezávaný z dreva, kolorizovaný a bohato pozlátený.
Okrem hlavného oltára sa v chráme nachádzajú aj tri bočné oltáre. Dva z nich darovala chrámu v roku 1723 manželka Leopolda Pálfiho grófka Antonia Mária de Souchés. Na stene ľavej časti svätyne sa nachádza epitaf grófa Mikuláša Pálfiho. Dali ho postaviť vnuci Mikuláša V. Pálfiho Leopold, Mikuláš a Rudolf. Autorom náhrobku je uvádzaný Ján Mikuláš Moll.
Chrámové steny boli až do roku 1928 iba vybielené. V tomto roku na podnet pátra Jozefa Vendelína Kučeru (malackého rodáka) dal knieža Mikuláš Pálfi chrám vymaľovať. Maľovanie a čiastočné úpravy vykonal František Malovaný so svojimi spolupracovníkmi: akad. maliarom Norbertom Pokorným, dvoma Nemcami (Hoffmanom, meno druhého nepoznáme) a malackým maliarom Kvasnicom.
V roku 1866 sa na dvore kláštora nakrátko utáborili pruské vojská. V juhozápadnej časti kostola je umiestnená kaplnka Svätých schodov, symbolizujúca schody, po ktorých kráčal Kristus v Jeruzaleme k Pilátovi pontskému. Nemenej zaujímavé sú aj krypty pod kostolom.
Svojrázne a originálne pôsobí pôvodný farebný rozvrh fasád.
Kostol sv. Martina v Kostolišti
Už len dominantná poloha a orientácia stavby na východ pripomína stredoveký pôvod Kostola sv. Martina v obci Kostolište. Obec sa prvýkrát spomína v prameňoch už v roku 1206.
Tunajšia farnosť je doložená k roku 1397, existenciu kostola nepriamo potvrdzuje aj podoba názvu obce uvedená v roku 1423 ako Kirchle. Kostol postavili niekedy v období gotiky v dominantnej vyvýšenej polohe v obci. Išlo o jednolodie s polygonálnym presbytérium, s ktorým sa na juhozápade Slovenska stretávame už od polovice 13. storočia a vyskytuje sa ešte aj v 16. storočí.
V 17. storočí došlo k veľkej renesančnej prestavbe chrámu, kedy boli napríklad zaklenuté priestory lode i polygonálneho presbytéria. Viaceré úpravy sa realizovali aj v 18. storočí, pričom v roku 1775 museli opravovať vežu po zásahu bleskom. Z 18. storočia pochádza aj veľká časť vnútorného vybavenia kostola. Ďalšie opravy sa realizovali aj počas 19. a 20. storočia.
Z gotického kostola sa zachovali podľa všetkého obvodové múry lode a svätyne, stredoveký pôvod môžu mať aj okná svätyne s roztvorenými špaletami a vonkajšie oporné piliere. Nie je vylúčené, že pod omietkami v exteriéri i interiéri sa môžu skrývať ďalšie zachované architektonické prvky z gotickej stavby. Na oltári sa nachádza obraz sv. Status národnej kultúrnej pamiatky má kostol slúžiaci dnes ako filiálny chrám rímskokatolíckej farnosti v neďalekých Malackách od roku 1963.