Právomoc udeliť amnestiu alebo milosť patrí k tradičným právam hlavy štátu, a to aj v súčasných podmienkach demokratických a právnych štátov, ktoré sú založené na princípe deľby moci, predovšetkým princípu oddelenia súdnej moci od moci zákonodarnej a výkonnej.
Oprávnenie hlavy štátu udeliť amnestiu alebo milosť môžeme považovať za akýsi zásah exekutívy do súdnej moci. Historické prežívanie týchto inštitútov má filozofické korene v uznaní skutočnosti, že tak ako nie je dokonalý človek, nie je dokonalý ani ním vytvorený právny poriadok.
Vývoj právnej úpravy amnestie a milosti na Slovensku
Inštitút amnestie a milosti prešiel vo vzťahu k Ústave Slovenskej republiky viacerými zmenami prostredníctvom troch ústavných zákonov.
Prvú zmenu priniesla druhá novelizácia Ústavy Slovenskej republiky, respektíve ústavný zákon č. 9/1999 Z. z., ktorým bola zakotvená kontrasignácia, ktorá sa vzťahuje na amnestiu. Pôvodná ústavná právna úprava z roku 1992 nepoznala kontrasignáciu. Kontrasignácia bola upravená až článkom 102 odsek 2 Ústavy Slovenskej republiky.
Rozhodnutie prezidenta Slovenskej republiky vydané podľa článku 102 odsek 1 písm. j) Ústavy Slovenskej republiky, ak ide o udelenie amnestie je platné, ak ho podpíše predseda vlády Slovenskej republiky alebo ním poverený minister. V týchto prípadoch za rozhodnutie prezidenta zodpovedá vláda Slovenskej republiky.
Kontrasignácia v prípade amnestie znamená, že prezident môže udeliť amnestiu len po kontrasignácii, teda po spolupodpise predsedu vlády alebo ním povereného ministra. Z uvedeného však vyplýva, že predseda vlády a ani žiadny minister nie sú povinní rozhodnutie prezidenta o udelení amnestie podpísať, nie je možné ich k tomu donútiť, pretože ide o ich rozhodnutie.
Za amnestiu preberá zodpovednosť vláda, ktorá ju nesie pred Národnou radou SR, čím jej vystavuje dôveru, ktorú od nej dostala, aby mohla riadne a zodpovedne spravovať Slovenskú republiku, a to vrátane otázky verejnej bezpečnosti a bezpečnosti občanov Slovenskej republiky.
Kontrasignácia je vylúčená pri milosti, pretože milosť zostáva aj naďalej osobným rozhodnutím prezidenta Slovenskej republiky.
Ústavný zákon č. 90/2001 Z. z. priniesol ďalšiu zmenu v ústavnej úprave udeľovania amnestie a milosti. Primárnym cieľom zmien v článku 102 odsek 1 Ústavy Slovenskej republiky bolo zabrániť tomu, aby nedochádzalo k zneužívaniu týchto ústavných oprávnení prezidenta.
Tento ústavný zákon vstúpil priamo do samotného oprávnenia hlavy štátu podľa článku 102 odsek 1 písm. j) Ústavy Slovenskej republiky a upravil ho do dnešnej podoby. Podľa ústavnej úpravy z roku 1992 bolo oprávnenie prezidenta SR pri udeľovaní amnestie a milosti omnoho rozsiahlejšie ako po zmene z roku 2001.
Rozdiel spočíval v amnestii vo forme abolície, ktorá predstavovala možnosť prezidenta SR svojím rozhodnutím nariadiť, aby sa trestné stíhanie nezačínalo a ak sa už začalo, aby sa v ňom nepokračovalo.

Právna úprava, ktorá bola súčasťou Ústavy Slovenskej republiky, prekročila štandardy amnestie a milosti typické pre demokratické a právne štáty. Následkami abolície nie len vo vzťahu k súdnej moci, ale aj vo vzťahu k orgánom činným v trestnom konaní bolo, že súdna moc strácala svoje základné oprávnenia v právnom štáte, najmä v riadnom procese uplatniť svoju právomoc, čo spôsobilo, že orgány činné v trestnom konaní nemohli pokračovať vo svojej činnosti smerujúcej k zisteniu skutku a jeho kvalifikácii ako trestného činu a k odhaleniu páchateľa tohto skutku.
Nie len že páchateľ skutku ostal nepotrestaný, ale ani nebolo možné zistiť, či trestný čin bol vôbec spáchaný. Práve táto forma amnestie bola zastupujúcim prezidentom použitá v roku 1998, no skúsenosťami s rozhodnutiami predsedu vlády ako zastupujúceho prezidenta o amnestiách z 3. marca 1998 a zo 7. júla 1998 pristúpil ústavodarca v roku 2001 k výraznému obmedzeniu udeľovania amnestie tým, že udelenie milosti alebo amnestie vo forme abolície už nebolo možné a následne bolo z ústavnej úpravy vypustené.
Prezident Slovenskej republiky podľa článku 102 odsek 1 písm.
Ústavný zákon č. 90/2001 Z. z. priniesol zmenu aj v článku 105 odsek 1 Ústavy Slovenskej republiky, ktorého význam spočíva v tom, že ak nie je prezident Slovenskej republiky zvolený alebo ak sa funkcia prezidenta uvoľní a ešte nie je zvolený nový prezident, alebo ak bol zvolený nový prezident, ale ešte nezložil sľub, alebo ak prezident nemôže svoju funkciu vykonávať pre závažné dôvody, oprávnenia prezidenta podľa čl. 102 ods. 1 písm. a), b), c), n) a o) Ústavy Slovenskej republiky prechádzajú na vládu Slovenskej republiky.
Vláda môže v tom čase poveriť svojho predsedu vykonávaním niektorých právomocí prezidenta. Na predsedu vlády prechádza v tom čase hlavné velenie ozbrojených síl. Oprávnenia prezidenta Slovenskej republiky podľa čl. 102 ods. 1 písm. d), g), h), l), m), s) a t) prechádzajú v tom čase na predsedu Národnej rady Slovenskej republiky.
Po zmene Ústavy Slovenskej republiky z roku 2001 pre amnestiu a milosť platí, že je nezastupiteľným právom prezidenta SR, čo znamená, že ak úrad prezidenta Slovenskej republiky nie je obsadený, amnestiu a ani milosť nemá kto udeliť. Aktuálna právna úprava oprávnenia prezidenta udeľovať milosť a amnestiu je výsledkom ústavných zmien, ktoré boli vykonané ústavnými zákonmi č. 9/1999 Z. z. a č. 90/2001 Z.
Významnou novelou zákona č. 141/1961 Zb. o trestnom konaní súdnom (Trestný poriadok) bol zákon č. 422/2002 Z. z., ktorý upravil čiastkové aplikačné problémy v konaní o udelení milosti, kedy bola definitívne potvrdená povinnosť ministra spravodlivosti zabezpečovať podklady pre prezidenta Slovenskej republiky v konaní o udelení milosti, upravili sa právomoci pri overovaní splnenia podmienok v prípade, že udelenie milosti je viazané na ich splnenie.
Rozhodovanie o splnení podmienok uložených odsúdenému v rozhodnutí o udelení milosti je právomocou prezidenta Slovenskej republiky. Ak prezident bez zavinenia obvineného neurobí rozhodnutie o splnení podmienok do jedného roka od uplynutia doby, na ktorú sa podmienky vzťahujú, platí, že odsúdený podmienky uložené v rozhodnutí o udelenie milosti splnil.
Ponechanie agraciácie a rehabilitácie malo svoj význam spočívajúci v tom, že orgány činné v trestnom konaní môžu pri týchto formách amnestie uplatniť svoju právomoc a súdna moc môže v súlade so svojím poslaním v právnom štáte rozhodnúť o vine a o treste.

Prezident Slovenskej republiky využitím inštitútu agraciácie alebo rehabilitácie koriguje rozhodnutie súdu z dôvodov hodných osobitného zreteľa, ktoré v trestnom konaní nebolo možné alebo vhodné vziať do úvahy. Zásah prezidenta vo vzťahu k rozhodnutiu súdu nie je apriórny, ale aposteriórny.
Hlave štátu je už známe rozhodnutie súdu, pozná odsúdeného, ako aj trest, ktorý mu bol uložený, čo znamená, že môže zohľadniť aj širšie okolnosti tejto osoby, prípadu, situácie, či už zdravotnej alebo rodinnej, teda faktory, ktoré nemajú relevanciu z hľadiska trestného konania, ale sú práve faktormi podmieňujúcimi rozhodnutie hlavy štátu o udelení amnestie alebo milosti.
Pokiaľ ide o inštitút milosti, tak prezident Slovenskej republiky má právo udeliť milosť vo forme agraciácie a rehabilitácie.
Súčasná právna úprava inštitútu udeľovania amnestie je takmer totožná s predchádzajúcimi právnymi úpravami, čo vyplýva z pomerne stabilného oprávnenia prezidenta vyhlásiť amnestiu.
V právnom poriadku Slovenskej republiky však neexistuje legálna definícia amnestie. Jej samotná úprava je zakotvená v niekoľkých právnych predpisoch. Najdôležitejšiu právnu úpravu predstavuje Ústava Slovenskej republiky, podľa ktorej oprávnenie udeľovať amnestiu vyplýva z ustanovenia článku 102 písm. j) Ústavy Slovenskej republiky, v zmysle ktorého prezident odpúšťa a zmierňuje tresty uložené súdmi v trestnom konaní a zahládza odsúdenie formou individuálnej milosti alebo amnestie.
Tento rozsah právomoci má prezident od účinnosti už spomínaného ústavného zákona č. 90/2001 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa Ústava Slovenskej republiky č. 460/1992 Zb. v znení neskorších predpisov, ktorý zúžil pôvodnú právomoc prezidenta rozhodnúť o abolícii tak ako ju upravovala Ústava z roku 1992, a to z dôvodu potenciálnej možnosti jej zneužitia.
Pôvodne, teda pred účinnosťou ústavného zákona č. 90/2001 Z. z. Odpúšťanie a zmiernenie trestov uložených súdmi v trestnom konaní ako svoju právomoc môže prezident uplatniť na základe vlastnej úvahy bez toho, aby bol viazaný na predchádzajúci návrh prípadne inú formu spolurozhodovania ústavného orgánu.
Ústavná zmena v roku 2001 zaviedla aj kontrasignáciu rozhodnutia prezidenta o udelení amnestie alebo milosti predsedom vlády Slovenskej republiky alebo príslušným ministrom, pričom zodpovednosť za kontrasignované rozhodnutie neznáša predseda vlády Slovenskej republiky alebo príslušný minister, ale znáša ju samotná vláda.
Milosť predstavuje právny inštitút mimoriadnej a celkom výnimočnej povahy, ktorý je možné použiť v prípade, kedy zmiernenie trestu nie je možné dosiahnuť bežnými zákonnými riadnymi alebo mimoriadnymi opravnými prostriedkami v rámci trestného práva.
Z teoreticko - právneho hľadiska môže byť amnestia vyhlásená formou abolície, agraciácie a rehabilitácie. Abolícia znamená neprípustnosť trestného stíhania, čo znamená, aby sa trestné konanie nezačínalo alebo aby sa v ňom nepokračovalo. Ide o výsadné právo hlavy štátu, ktorému nezodpovedá subjektívne právo konkrétnej osoby na aboličné rozhodnutie.