Kresťanská cirkev zohrávala v ranom stredoveku na Slovensku kľúčovú úlohu. Po legalizácii kresťanstva sa vytvorila silná a pevná organizácia na čele s biskupmi, ktorí spravovali jednotlivé cirkevné okruhy - diecézy. V polovici 5. storočia tvorilo päť stredísk patriarcháty, ktorých biskupi dostali titul patriarchov: Carihrad, Rím, Alexandria, Antiochia a Jeruzalem. Vo východnej časti dosiahol vedúce postavenie roku 381 patriarchát carihradský.

Mapa patriarchátov v roku 814
V polovici 5. storočia boli cisári Byzancie uznaní za nositeľov najvyšších práv v cirkvi a bol im daný titul cisár - archierej. Aj keď za najvyšší orgán cirkvi bol aj naďalej považovaný koncil, právo zvolať ho mal len cisár. Iná situácia bola na západe. V polovici 4. storočia začal rímsky biskup používať titul pápež. Formálne boli závislí na Byzancii, no ich obrovský pozemkový majetok z nich robil nezávislých.
Založenie pápežského štátu
Charakteristickým rysom pápežskej politiky bolo, že sa vždy opierala o najsilnejšiu politickú moc v blízkom okolí. Keď do Itálie vpadli 568 Langobardi a uzatvorili dohody s Byzanciou, pápeži uzatvárali zmluvy raz z jednou inokedy s druhou stranou, vždy podľa potreby. Keď začala vzrastať sila franckého štátu, začali sa aj oni orientovať na túto mocnosť. V rokoch 754 a 755 podnikol Pipin Krátky dve ťaženia do Itálie, porazil Langobardov, odobral im rímsku oblasť aj ravenský exarchát a roku 765 ich odovzdal pápežovi. Tým bol položený základ vzniku pápežského štátu. Od tých dôb si pápež na tomto území počínal ako svetský panovník.
Aby bola ospravedlnená svetská moc pápežov, zhotovil Štefan II. falošnú listinu, tzv. Konštantínov dar, v ktorej mal cisár darovať rímskemu pápežovi rovnakú moc ako má on sám, odovzdáva mu Rím, italské mestá, všetky krajiny na západe a sám vraj odchádza do Konštantinopolu.
Rozkol v cirkvi
V polovici IX. storočia nastal rozkol. K všeobecným príčinám rozporov sa v 9. storočí priradil aj teologický spor o tzv. filioque, teda či pochádza duch svätý len z boha - otca (postoj Východu) alebo aj z boha - syna (Západ). Koncil východných biskupov 867, ktorý zvolal do Carihradu Fotios, uvalil kliatbu na pápeža Mikuláša I. a jeho zasahovanie do záležitosti východnej cirkvi označil za neprípustné.
V polovici 11. storočia vznikol spor medzi patriarchov Michalom a pápežom Levom IX. o to, komu má podliehať juhotalianské duchovenstvo. To bol definitívny koniec. V roku 1054 položili pápežskí legáti na oltár chrámu sv. Sofie listinu, ktorá dala do kliatby patriarchu Michala, nato cirkevný snem byzantského duchovenstva, ktorý na patriarchovu žiadosť narýchlo zvolal cisár, uvalil kliatbu na pápežských legátov. Po tomto obidve cirkvi vyhlásili, že sú úplne nezávisle. Označovali sa ako rímsko - katolická a východná gréckokatolická.

Schéma východnej a západnej schizmy
Clunijské hnutie
V 10. a 11. storočí cirkev upadala. Bola však stále jedným z najväčších pozemkových vlastníkov. Kláštory sa čulo zapájali do obchodu a často boli aj strediskami úžerníctva. Úpadok bol pre nich nevýhodný, preto z prostredia kláštorov vyšli prvé pokusy o nápravy. Na upevnení pápežstva mali veľký záujem aj biskupi v západoeurópskych krajinách, ktorí boli vo veľkej miere závislí od miestnych feudálov. Podriadenosť vzdialenému Rímu sa zdala byť oveľa výhodnejšia ako miestna moc. S rozsiahlym programom vystúpili mnísi z kláštora v Cluny, vo francúzskom Burgundsku. Koncom 11. storočia sa hnutie rozšírilo ďaleko za hranice Francúzska.
Bola zavedená prísna disciplína v kláštoroch, upevnila sa cirkevná disciplína, pretože skazenosť duchovenstva podrývala ich autoritu u jednoduchých ľudí. Požadovali prísny celibát, aby duchovný nerozkrádali cirkevní majetok a nemohli ho odkazovať svojím potomkom. Požadovali nezávislosť na svetských feudáloch a vystupovali aj proti tzv. simonii, teda aby cisári alebo králi predávali cirkevné hodnosti. Novotám pomohol aj neporiadok v Nemecku a roku 1059 pápež uzavrel spojenectvo s Normanmi, ktorí sa usadili v južnej Itálii. Richard a Róbert Guiscardovci uznali pápeža a sľúbili ochraňovať v budúcnosti jeho záujmy.
Hildebrand zasiahol aj do spôsobu voľby pápeža. Roku 1059 Mikuláš II. zvolal lateránsky koncil a dekrétom stanovil, že pápeža budú v budúcnosti voliť iba kardináli, ktorí sú zasa menovaní pápežom.
Na druhej strane, byť kresťanom už nie je riskantná, existenčná voľba, ale naopak, predpokladom existenčného postupu, čo privádza do cirkvi množstvo pragmatických oportunistov. Podoba cirkvi vytvorená kresťanským starovekom prechádza ďalšou zásadnou transformáciou v ranom stredoveku. Po páde rímskej ríše na Západe v 5. storočí a po vpádoch barbarov sa ocitla cirkev pred úlohou uchrániť existenciu kresťanstva na jej bývalom území a zároveň previesť misiu medzi novými národmi a etnikami, ktoré prichádzali s celkom inými kultúrnymi a náboženskými základmi. Kresťanské náboženstvo bolo pre barbarov civilizačne úspešnejšie a štátotvorné.
Koncept Boha bol však pre nich príliš abstraktný a tak cirkev postupne vytvárala nové formy zbožnosti, úctu k svätým (a k ich ostatkom) ako sprostredkovateľom u Boha. Išlo o to isté kresťanstvo, hoci pohľad na Krista u kresťana v Ambrózovom Miláne v 5. storočí a saského nevoľníka v 9. storočí sa isto líšil v pohľade na jeho význam a konkrétnu rolu pre ich osobnú spásu.
Cirkevné inštitúcie na Slovensku v stredoveku
Medzi cirkevné inštitúcie na Slovensku v stredoveku patrili: Veľká Morava, kostol Pribinu, misie pred Cyrilom a Metodom, učilište, okruh salzburského arcibiskupstva a pasovského biskupstva. V roku 870 bol Metod ustanovený za biskupa, arcibiskupa panónskeho a pápežského legáta. Biskupstvo v Nitre existovalo už roku 880, biskupom bol paradoxne Viching. Už za Svätopluka existovala potreba rozdeliť územie na diecézy. Za Mojmíra II. sa to zrejme uskutočnilo, na našom území sa totiž pohybovali pápežský legáti: arcibiskup Ján, biskupi Benedikt a Daniel, pričom títo ustanovili 4 biskupov, z ktorých jeden sa stal arcibiskupom. V tom čase vznikli asi aj prvé kláštory. V 10. storočí sa ale postupne celá organizácia asi rozpadla.
V 11. storočí nastáva oživenie počas panovania Štefana I. V podstate sa obnovila cirkevná štruktúra. Tesne pred smrťou 998, prijíma Gejza kresťanstvo a jeho syn sa stal jeho horlivým šíriteľom. Roku 1 000 vzniká arcibiskupstvo v Ostrihome, biskupstvá Vesprém 1 002, Päťkostolie 1009. Štefan obdaroval aj zoborský kláštor. Budovala sa správa až po fary. Roku 1038 bolo obnovené biskupstvo v Nitre a ten istý rok vzniklo aj v Jágri. Počas vlády Ladislava došlo k vyhláseniu svätých Štefana, Imricha a Gerharda.
V priebehu 11. storočia vznikajú archidiakonáty, územne netotožné s komitátmi. Dotvorila sa tak celá sústava: arcibiskupstvo, biskupstvo, archidiakonáty, vicediakonáty, fary. Na Slovensku sa vytvorili: Spišské prepošstvo, Nitriansky archidiakonát, Hontiansky archidiakonát, Abaujvársky archidiakonát. Vicearchidiakoni dozerali na hospodársku stránku - desiatok. Kapituly (sídelné), pôvodne na čele s biskupom, neskôr prepoštom, žili pôvodne ako kláštory. Neskôr v 13. storočí sa z nich stali hodnoverné miesta. Ich riadni členovia boli: Kanonik-lektor, kustod, kantor, dekan (hospodársky správca), archidiakoni...
Kapitulné školy boli určite v Nitre a možno aj v Bratislave. Kláštory: Zobor (Benediktíni), Hronský Beňadik 1075, Bzovík (Benediktíni) 1132, Krásna nad Hornádom (Benediktíni) 1143, Premonštráti v Jasove a Lelesi, neskôr aj v Bzovíku. Z východokresťanských blízko územia Slovenska, Vyšehrad. Duchovenstvo delíme na: Prelátov (arci..., biskup, prepošt, opát), medzi: archidiakoni, dekani... Klérus: farári, kaplani. Na vysokej úrovni boli rehoľné školy: Jasov, Leles, Šahy, Turiec. Školu vyššieho stupňa (schola major) zriadili v 14. st. zrejme košickí Premonštráti.
Reformácia priniesla evanjelickú cirkev, ktorá spočiatku podliehala katolíckym biskupom. Začali sa spájať do bratstiev - kontubernií. Organizačne konštituovaní na Žilinskej synode 1610. Arcibiskup Mikuláš Oláh - nástup protireformácie. Dôraz na výchovu kňazského dorastu. Prišli a čoskoro odišli aj Jezuiti. Ešte tvrdšie sa do rekatolizácie pustil Peter Pázmaň 1616. 1635 bola založená katolícka univerzita v Trnave. Zakladali sa aj jezuitské gymnázia. Pokusom o evanjelickú vysokú školu bolo prešovské kolégium za J. Bayera. U pravoslávnych stojí za zmienku pokus o zblíženie s katolíkmi, týkajúci sa najmä Rusínov, 1646 tzv.
V dnešnej Európe tvoria multikonfesionalita a náboženský pluralizmus dva z pilierov modernej spoločnosti. Pôvod tohto výdobytku civilizácie musíme hľadať na konci stredoveku a začiatku novoveku. V kontexte stredovekej Európy sa náboženská tolerancia nerodila ľahko. Istá miera tolerancie však bola na sklonku stredoveku potrebná. Už vo vrcholnom a neskorom stredoveku pôsobili Židia v rôznych mestách strednej Európy, Arméni v juhovýchodných mestách Poľského kráľovstva, Karaimovia v mestách Litvy a Rusi a husiti v Čechách a na území Poľska. Každá nová etnická alebo náboženská skupina doniesla do života spoločnosti niečo originálne, priniesla svoj vlastný vklad. Napokon z toho vzišla celková zmena životného štýlu a každodennosti človeka na začiatku novoveku.
V roku 1492 sa Európanom otvorili nové obzory. Kolonizáciou amerického kontinentu a rozšírením diaľkovej námornej dopravy vznikol „svetový obchod“, ktorý podnietil hospodársky rozvoj a zapríčinil výrazný demografický rast. Šírenie reformácie v európskych mestách, náboženská pohyblivosť, rozvoj univerzitného vzdelávania a akademickej mobility, zrod katolíckeho misijného hnutia, vznik nových rehoľných kongregácií prispeli v 16. až 18. storočí k fenoménu masovej migrácie. Časté vojny a prenasledovania zasa spôsobovali vysťahovalectvo. Následkom väčšieho pohybu obyvateľstva sa zvýraznila etnická a konfesionálna heterogenita hlavne vo väčších európskych mestách.
V polovici 14. storočia sa zjednotené Poľské kráľovstvo rozšírilo smerom na východ. Pripojili k nemu rusínske obyvateľstvo a po únii v Krewe z roku 1385 začali budovať jagelovskú monarchiu, ktorej súčasťou bola okrem iného aj Litva a Žmuď (Žemaitsko). Pravoslávni obyvatelia tvorili v tom čase takmer tretinu zo všetkých obyvateľov štátu. Okrem nich žili na území jagelovskej monarchie aj židovské a karaimské komunity spojené s mojžišovským náboženstvom, tiež islamskí Tatári. Rozsiahle územie Litovského veľkokniežatstva teda obývalo aj „pohanské“ obyvateľstvo, ktoré bolo od konca 16.
Príkladom života multikonfesionálnej spoločnosti bol stredoveký a ranonovoveký Ľvov. Išlo o najväčšie mesto za Vislou, najvýchodnejšie centrum koncentrovanej západnej kolonizácie s rozvinutou mestskou organizáciou. Na začiatku novoveku zostala centralizácia štátnej moci v Poľsku nedokončená. Už v 15. storočí preniklo do Veľkopoľska, Maľopoľska a Pomoria husitstvo, myšlienka kališníctva, teda prijímania pod obojakým spôsobom. Multikonfesionálna mozaika sa po začiatku reformácie stala v jagelovskej monarchii ešte rozmanitejšou. Práve poľské mestá na čele s Krakovom a Poznaňou, ale aj pruské mestá podriadené poľskému kráľovi (Gdansk, Elbląg a i.) sa stali najsilnejšími centrami viacerých reformných prúdov. Tieto hnutia zasiahli aj ďalšie mestá a nevynechali ani Mazovsko, ktoré bolo v tom čase považované za „arcikatolícke“.
Procesy formovania jednotlivých cirkví sa v Poľsko-litovskej republike začali až po roku 1548. Popri cirkvách augsburského a reformovaného vyznania sa k nim pridali aj bratia Jednoty bratskej, ktorá sa po šmalkaldskej vojne (1546 - 1547) rozšírila do Poľska a usadila sa vo Veľkopoľsku a Kráľovskom Prusku ako tretia hlavná denominácia. Spomedzi nich bol najznámejší biskup Ján A.
Čechy a čiastočne aj Morava boli nábožensky rozdelené už v 15. storočí. Z husitstva vzišlo kališnícke vnímanie eucharistie (utrakvizmus) a vojenská tradícia, ktorá zohrala v tomto čase dôležitú úlohu. Husitstvo sa tzv. spanilými jazdami, vojenskými ťaženiach za hranice Českého kráľovstva, dostalo až k vzdialenému Baltu. Utrakvisti boli podporovatelia prijímania pod obojakým spôsobom, teda oboch podstát, tela a krvi Pána.
Vyčlenením ešte radikálnejšej Jednoty bratskej z prvej českej reformácie v roku 1457, ovplyvnenej učením Petra Chelčického, vznikol objekt nových útokov. S rozdelením cirkvi v českých krajinách sa pokúšal skoncovať až český kráľ Ferdinand I. Habsburský (1526 - 1564). Súčasťou jeho náboženskej politiky bola snaha o obnovenie zašlej slávy katolíckej cirkvi. No nie v pôvodnej, ale v reformnej podobe. Na druhej strane však nedovolil, aby v českých krajinách a na Morave vzniklo úspešné široké reformačné hnutie. Opozičné sily sa preto snažil rozdeliť.
V roku 1545 obnovil Ferdinand platnosť vladislavského dekrétu proti Jednote bratskej (tzv. Svätojakubský mandát z roku 1508), ku konkrétnym krokom proti nim však pristúpil až po likvidácii stavovskej vzbury - prvého protihabsburského povstania v rokoch 1546 - 1547. Biskupa Jednoty bratskej Jána Augustu dal uväzniť v roku 1548, potrestal tiež niekoľkých šľachticov, ktorí sa k nim pridali. Kráľ Ferdinand I. hatil snahy rôznych českých protestantských smerov o zjednotenie.
Po Augsburskom mieri (1555) však zmenil taktiku náboženskej politiky, zmiernil represie a sústredil sa na posilňovanie postavenia katolíckej cirkvi. V roku 1556 uviedol do Čiech Tovarišstvo Ježišovo (jezuitov). V Prahe si jezuiti založili Klementínske kolégium (1562), ktorého poslaním bola príprava nového duchovenstva, výchova mladých šľachticov, ktorí sa mali stať oporou rekatolizácie. Ďalšie strediská si vybudovali v Olomouci a v Brne. Obnovená bola činnosť pražského arcibiskupstva, ktoré zostávalo neobsadené od husitských dôb.
Z náboženského pohľadu bola najprehľadnejšia situácia v Uhorskom kráľovstve. Uhorsko bolo koncom stredoveku iba málo konfesijne diferencované a dlho sa pridŕžalo latinskej náboženskej jednoty. Kresťanskú cirkev zastrešovala oficiálna cirkevná hierarchia a ochraňovali ju uhorskí králi. Nemecké, maďarské a slovenské mestské a obecné spoločenstvá zjednocovali v 15. storočí spoločné farnosti. Židovské, rusínske, ukrajinské (resp. valašské) a rómske komunity tvorili iba okrajovú súčasť osídlenia. Odrazilo sa to i na tom, že keď do Uhorska v 20. rokoch 16. storočia prišla nemecká reformácia, okrem mešťanov a mestských rád ju prakticky nepodporila žiadna iná spoločenská trieda.
V Uhorsku mala charakter mestský a umiernený, lebo jej prívrženci nachádzali podporu v mestských komunitách. Hoci musíme zvýrazniť i neskorší význam šľachty, lebo keby sa vo veci reformácie v 17. storočí neangažovala ona, reformácia v Uhorsku by nebola úspešná. Uhorské zákony namierené proti luteránom z rokov 1523 a 1525 sa uplatňovali najmä proti anabaptistom a sakramentárom, teda utajeným kalvínom. Všetky náboženské skupiny postavené mimo zákon mali byť vytesnené zo spoločnosti.
V januári 1543 uhorský kráľ Ferdinand I. tvrdil, že kresťanské náboženstvo je len jedno a žiadna schizma v ňom nemá miesto. V Poľsku svetská a cirkevná hierarchia odpovedali tvrdšie, konali procesy s reformačnými kazateľmi (aj luteránskymi - v roku 1527), do krajiny zakázali dovážať knihy z cudziny (v rokoch 1530 a 1532), zakázali študovať na „heretických“ univerzitách (v rokoch 1534 a 1540), Nemcov vylúčili z usadlostí poľských opátstiev (v roku 1538) a podobne.
Pre Štefana Majláta, šľachtica zajatého Turkami (+1550), sa nenašli peniaze na výkupné aj preto, lebo bol prívržencom nového nemeckého vierovyznania. Naopak, inokedy hierarchia konala veľmi rýchlo. Keď v roku 1543 padol Ostrihomský hrad, zajatý prepošt Dudič-Sbardellatus a s ním traja kanonici boli ihneď prepustení na slobodu. Vo faktore dlhoročných tureckých vojen sa uhorské dejiny odlišovali od okolitých krajín.
Azda najťažšia situácia z náboženského hľadiska bola v Sedmohradsku. Bolo to historické územie, kde sa stretali orientálne náboženstvá, pravoslávna a rímskokatolícka cirkev. Vojvoda Ján Žigmund Zápoľský síce formálne zostal katolíkom, ale rozporuplne konal v protestantskom záujme. V roku 1556 sa radikálne obrátil. Z krajiny vyhnali oboch správcov biskupstiev, teda varadínskeho a sedmohradského, zrušili kapituly kanonikov, stredoveké kláštory a zabrali ich cirkevný majetok. V Sedmohradsku sa už dlhšie, od roku 1542, nezdržiaval katolícky biskup. Snem v Bratislave mu v tom istom roku pohotovo pridelil ako vyhnancovi správu nitrianskeho biskupstva (zák. čl. 25/1556).
V roku 1558 sedmohradské stavy na sneme v Turde schválili (povolili) „pápežské“ a „luteránske“ vierovyznanie. Po predošlom zhabaní cirkevných majetkov prikročili na sneme v roku 1564 k legalizácii oboch smerov reformácie - nemeckej i helvétskej konfesie. V roku 1566 sekularizovali aj veľkovaradínsku kapitulu. V roku 1568 deklarovali náboženskú slobodu a tiež rovnoprávnosť pre antitrinitárov. Podľa svojich konštitúcií sa teda Sedmohradsko stalo krajinou štyroch povolených náboženských konfesií: luteránskej, kalvínskej, rímskokatolíckej a antitrinitárskej. Verní katolícki duchovní poväčšine Sedmohradsko natrvalo opúšťali. Mnoho z nich prišlo do Bratislavy a Trnavy.
Politická sila stavov vytvorila v Poľsku 14. apríla 1570 Sandomiersky konsenzus (Zgoda sandomierska). Bola to dohoda medzi protestantskými denomináciami ratifikovaná konfederačným snemom počas interregna v roku 1573. Toto uistenie bolo politickým výsledkom rokovaní zástupcov všetkých denominácií z Veľkopoľska, Malopoľska a Litvy, ktorého sa zúčastnili v Sandomieri: luteránov, kalvínskych reformovaných, českých a moravských bratov a Jednoty bratskej, ale nie poľských bratov (antitrinitárov a sociniánov). Tí boli z konsenzu vylúčení pre odmietanie Svätej Trojice.
Cieľom zúčastnených strán bolo, aby sa mohli spoločne brániť voči protireformačným snahám a aby zastavili rozbroje medzi sebou. Začali si vzájomne uznávať svoje sviatosti a kazateľov, vlastné dogmy a rituály. Rešpektovali odlišné teologické a organizačné aspekty, ktoré chceli urovnať dialógom. Hoci Confessio Sendomiriensis bolo zjavne upraveným prekladom spisu Heinricha Bullingera Confessio Helvetica Posterior, jeho priaznivci ho považovali za „poľské krédo“.
V budúcnosti plánovali spoločné synody, naplánovaná bola i ďalšia spolupráca a pomoc na rozvoji všetkých miestnych cirkví. Luteráni teda čiastočne ustúpili reformovaným z Malopoľska a členom Jednoty bratskej. Napriek tomu, že sa predstavitelia augsburského vyznania odmietli zrieknuť svojho presvedčenia a špecifického teologického nároku na pravdu, „vlastenecké argumenty“ boli nakoniec dostatočne silné na to, aby prekonali tento odpor.
Náboženská situácia v Poľsku a Litve bola veľmi diferencovaná, preto sa úspechy reformácie skončili úplne odlišne. V Malopoľsku každý siedmy kostol prevzali protestanti, väčšinou reformovaní. Hoci na jednej strane v tejto provincii našlo reformačné hnutie silných podporovateľov, na druhej strane kariéra v cirkevných a dvorských úradoch zostala pre tamojšiu ekonomicky a politicky slabšiu elitu atraktívna. V Kráľovskom Prusku sa reformácia najskôr rozšírila hlavne do miest, ale naopak v Pomoranskom vojvodstve bolo na vidieku v 80. rokoch 16.
Keď v roku 1564 po smrti Ferdinanda začal vládnuť jeho syn Maximilián II. Habsburský, upierali sa k nemu nádeje českej nekatolíckej šľachty. Bol totiž nábožensky vlažným človekom a prejavoval tolerantný postoj k iným vierovyznaniam. Urobil preto ústupky v náboženskej oblasti, lebo na sneme dovolil rokovať o náboženských veciach. Na rokovaniach pred snemom dominovala roztrieštenosť nekatolíckeho tábora v Čechách.
Aby prišlo k dohode, bola pred tým vytvorená zvláštna komisia zo zástupcov všetkých zapojených reformačných hnutí, ktorá mala vypracovať návrh spoločnej konfesie. Napokon sa dosiahlo zmierenie medzi českými bratmi a luteránmi, ktorí na začiatku mája vypracovali spoločný text konfesie a 18. mája ho predložili cisárovi. Starokališníci (pôvodní utrakvisti) sa k nemu nepripojili. Základom návrhu Confessio Bohemica bolo umiernené luteránstvo, ktoré v ríši presadzoval reformátor Filip Melanchton, doplnené prvkami domácej českej reformnej tradície od Jána Husa cez kompaktáta, českobratskú a novoutrakvistickú konfesiu.
Reformovaná česká cirkev mala vytvoriť osobitné konzistórium podriadené stavom; stavy mali zo svojho stredu voliť obhajcov prijatých zásad (tzv. defenzorov). Chápali to ako cestu k celokrajinskému náboženskému zmieru. Konzistórium tak spojilo reformných utrakvistov s luteránmi a Jednotou bratskou pod jednu strechu. Maximilián dosiahol uznanie svojho najstaršieho syna Rudolfa za českého kráľa na záverečnom zasadnutí snemu, hoci predtým českú konfesiu nepodpísal, sľúbil však jej dodržiavanie. Z Prahy odišiel na ríšsky snem do Remeša, odkiaľ vydal niekoľko mandátov proti protestantom v Čechách. Nová právna úprava náboženských pomerov tak zostala v nedohľadne. Onedlho, 5. októbra 1575, vydal Maximilián II. mandát namierený proti Jednote bratskej, ktorej zakázal činnosť v kráľovských mestách. Zároveň zakázal tlačiť text Confessio Bohemica, teda znemožnil jeho šírenie. Stavovská opozícia chápala tieto opatrenia ako jasné porušenie kráľovských sľubov daných na sneme.
V českých krajinách sa pozícia nekatolíkov zlepšila najskôr pri rokovaniach o českej konfesii v roku 1575, potom pri vydaní Majestátu Rudolfa II. o náboženskej slobode v roku 1609.