Smrť pápeža Jána XXIII. bola zasiahnutá zdravotnými problémami, a zomrel dňa 3. júna 1963. Konkláve po smrti pápeža Jána XXIII. začalo dňa 19. júna 1963, a trvalo do dňa 21. júna 1963. Zúčastnilo sa ho 80 kardinálov a na zvolenie bolo potrebných 54 hlasov. József Mindszenty (1892 - 1975), maďarský kardinál, bol zavretý stále na americkom veľvyslanectve v Budapešti, a nemohol zúčastniť sa konkláve.
Pápež Ján XXIII.
Pred konkláve
Giulio Andreotti (1919 - 2013), taliansky predseda vlády, minister zahraničných vecí, kresťansko-demokratický politik, konštatoval, že došlo k stretnutiu najvýznamnejších predstaviteľov progresívnych síl v Cirkvi, bezprostredne pred konaním konkláve, dňa 18. júna 1963. Josef Richard Frings (1887 - 1978), nemecký kardinál, pozval na toto stretnutie mnoho kardinálov. U. Ortolani bol blízkym spolupracovníkom a priateľom G. Lercara, kardinála. Giacomo Lercaro (1891 - 1976), taliansky kardinál, organizoval stretnutie v Grottaferrata, a považoval sa za dediča „jánovského ducha“.
Umberto Ortolani (1913 - 2002), taliansky podnikateľ a slobodomurár, majiteľ vily v Grottaferrata, spojený s aférou slobodomurárskej lóže Propaganda Due a s krachom Banco Ambrosiano, talianskej banky, potvrdil v rozhovore s Andreom Torniellim (* 1964), talianskym novinárom a vatikanistom, že stretnutie konalo sa dňa 18. júna 1963. Podľa U. Ortolaniho.
Voľba pápeža Pavla VI.
Alfredo Ottaviani (1890 - 1979), taliansky kardinál, sekretár Kongregácie Svätého ofícia, bojoval veľmi rozhodne proti zvoleniu G. B. Montiniho, kardinála, za pápeža.
Pápež Pavol VI. - Pápež pútnik
G. B. Montini, kardinál, bol zvolený za pápeža, väčšinou 57 hlasov, proti 22 hlasom, a prijal meno Pavol VI.. Angelo Dell'Acqua (1903 - 1972), taliansky arcibiskup, neskôr kardinál, a substitút, t. j. zástupca štátneho sekretára, zohral rozhodujúcu úlohu pri voľbe G. B. Montiniho.
Pápež Pavol VI.
Loris Francesco Capovilla (1915 - 2016), taliansky arcibiskup, neskôr kardinál, štátny sekretár pápeža Jána XXIII., v súvislosti s A. Dell'Acquom, arcibiskupom a substitútom, a jeho vplyvom na konkláve, v rozhovore s A. Torniellim uviedol: „Substitút mal privilegované postavenie, mohol chodiť za všetkými kardinálmi. Presvedčil Španielov, že G. B. Montini, kardinál, milánsky arcibiskup, je priateľom Španielska. ( ... ). Zmiernil obavy mnohých, ktorí domnievali sa, že G. B. Montini, kardinál, je „Francúz“, nasiaknutý výlučne kultúrou tejto veľkej krajiny.
Korunovácia a prvé kroky Pavla VI.
Korunovácia pápeža Pavla VI. konala sa na priestranstve pred Bazilikou svätého Petra, v Ríme, dňa 30. júna 1963. Obrad začal sa slávnostným sprievodom, ktorý sprevádzal novozvoleného pápeža, sediaceho na prenosnom tróne, od Apoštolského paláca až po oltár Vyznania svätého Petra. Pápežský ceremoniár, nesúc striebornú palicu, pokľakol pred pápežom trikrát, počas sprievodu do baziliky. Na konci tejto palice horel chumáčik kúdele. Ceremoniár hovoril: „Svätý Otče, tak pominie sláva sveta.“, a to postupne trikrát, stále silnejším hlasom. Počiatky pápežského korunovačného obradu siahajú pred 9. storočie.
Pápež Pavol VI. následne zrušil pápežský korunovačný obrad, spolu s pápežskou tiarou. Predmetné rozhodnutia patrili medzi jeho prvé oficiálne akty. Spolu s perovými vejármi, prenosným trónom a baldachýnom, zmizla aj pápežská tiara, čo bolo možné sledovať v roku 1978.
Pápež Pavol VI. venoval svoje prvé rozhlasové posolstvo „celej ľudskej rodine“, dňa 22. júna 1963, a oznámil, že prevažnú časť svojho pontifikátu bude venovať pokračovaniu Druhého vatikánskeho ekumenického koncilu.
Kontroverzie a vplyv
Niektoré zdroje poukazujú na G. B. Montiniho, a na jeho možné zapletenie do zrady P. Alighiera Tondiho (1908 - 1984), jezuitu, ktorý vstúpil do Komunistickej strany a oženil sa s komunistkou. Giuseppe Siri (1906 - 1989), taliansky kardinál, uvádza, že G. B. Montini bol poslaný do Milána na základe negatívneho posudku, vydaného tajnou komisiou, stanovenou pápežom Piom XII..
Claude Arnould (1899 - 1978), francúzsky plukovník, antikomunista a katolík, dostal úlohu zistiť zdroj úniku dôverných informácií zo Štátneho sekretariátu komunistickým vládam na Východe. C. Arnould vysledoval zodpovednosť za únik informácií u G. B. Montiniho a v jeho blízkom okolí. A. Tornielli, taliansky novinár a vatikanista, priniesol na svetlo niektoré dokumenty, ktoré podporujú tvrdenia C. Arnoulda. Andrea Riccardi (* 1950), taliansky historik, uvádza, že niektoré menovania biskupov v Litve, udiali sa „nejasným, ak nie priam tajomným spôsobom“, a vyvolali dohady o možnej nelojálnosti G. B. Montiniho v sovietskych otázkach.
Pápež Pavol VI. podporoval aktivity Alda Mora (1916 - 1978), talianskeho vedúceho predstaviteľa Kresťansko-demokratickej strany, v prospech jednoty Kresťanskej demokracie, aj prostredníctvom intervencií, vydaných v L´Osservatore Romano, t. j. novinách Svätej stolice. John Fitzgerald Kennedy (1917 - 1963), prezident Spojených štátov amerických, bol prijatý pápežom Pavlom VI. na audiencii, v Ríme, dňa 2. júla 1963. Pápež Pavol VI. povzbudil J. F. Kennedyho, prezidenta, na tejto audiencii, k politickému „otvoreniu sa doľava“.
Vplyv na Druhý vatikánsky koncil
Pápež Pavol VI., na Námestí svätého Petra, v Ríme, po skončení modlitby Anjel Pána, v nasledujúci deň, zavolal k sebe do okna Apoštolského paláca, Léona-Josepha Suenensa (1904 - 1996), belgického kardinála, a predstavil ho zástupu. Bolo to bezprecedentné privilégium, ktoré potvrdilo blízky vzťah medzi pápežom Pavlom VI. a L. J. Suenensom, kardinálom, významným predstaviteľom progresívnych síl na koncile.
Mons. Lefebvre uviedol: „Mám priame dôkazy o tom, že pápež Pavol VI. bol pod veľkým vplyvom J. M. Villota, kardinála. Hovorilo sa o tom, že J. M. Villot, kardinál, bol slobodomurárom. Neviem o tom nič, ale bolo o tom veľa rečí. ( ... ). Boli spravené fotokópie listov slobodomurárov adresovaným J. M. Villotovi, kardinálovi. Nemám dôkazy pre to. V každom prípade, J. M. Villot, kardinál, mal veľký vplyv na pápeža. Sústredil do svojich rúk všetku moc v Ríme. Stal sa vládcom, oveľa väčším, než pápež. Všetko prechádzalo jeho rukami. Viem o tom niečo.“. Carmine Pecorelli (1928 - 1979), taliansky novinár, uvádza mená Jean Villot, kardinál, štátny sekretár, a Leo Suenens, kardinál, vo zverejnenom zozname cirkevných slobodomurárov. C. Pecorelli bol zavraždený v roku 1979.
Fatimské tajomstvo
Pápež Pavol VI. chcel pozrieť sa na text fatimského tajomstva, vo Vatikáne, už v júni 1963, avšak nenašiel ho, a požiadal o vysvetlenie L. F. Capovillu, arcibiskupa, štátneho sekretára pápeža Jána XXIII.. Predmetná obálka s textom fatimského tajomstva obsahovala poznámku, podľa ktorej pápež Ján XXIII. L. F. Capovilla, arcibiskup, spomínal na postoj pápeža Pavla VI.: „Pápež Pavol VI., zavolal ma, dňa 28. júna 1963, a pýtal sa, kto napísal tú poznámku na obálke. Vysvetlil som mu, že bol to sám pápež, ktorý chcel označiť tým osoby, ktoré poznali text. Pápež Pavol VI., spýtal sa ma potom: „Pápež Ján XXIII., nepovedal vám nič viac?“. „Nie, Svätý Otče, rozhodnutie nechal na iných.“. „Aj ja spravím takisto.“. Odpovedal pápež Pavol VI.. Zavrel obálku a nehovorilo sa o tom viac.“.