Prvá písomná zmienka o Vrútkach pochádza z roku 1255. Približne v polovici 13. storočia bol vo Vrútkach postavený drevený gotický kostol, ktorý stál na mieste dnešného rímskokatolíckeho kostola. Jeho svätyňa sa nachádzala tam, kde je dnes veža, a veža tam, kde je presbytérium kostola.
Vrútocký kostol bol zasvätený sv. Jánovi Krstiteľovi. Jubileum vysviacky sa podľa tradície svätilo na prvú nedeľu po sviatku Všetkých svätých. Stredná loď bola z tuhého materiálu, 23 metrov dlhá a 7,5 metra vysoká. Vo svätyni bola drevená klenba a do kostola viedli dvoje dverí. Kostol mal hlavný prenosný oltár, organ a tri posvätené zvony. Na hlavnom oltári bol svätostánok, avšak Sviatosť oltárna tam nebola.
Na hospodársku rozvinutosť Vrútok poukazuje skutočnosť, že už pred rokom 1332 boli aj samostatnou farnosťou s gotickým kostolom sv. Jána Krstiteľa z roku 1285.
Už v 16. storočí sa v Turci rozšírila reformácia a od roku 1560 bol vrútocký kostol evanjelický. Po roku 1709 sa znova kostola zmocnili katolíci. Pri ňom bola i veža, ktorú v rokoch 1622 a 1634 dali obnoviť patróni.
Ako prvý evanjelický farár sa uvádza Matej Rechtinius z roku 1599. Vrútocký kostol a fara boli s menším prestávkami od roku 1599 až po rok 1709 v držbe evanjelickej cirkvi augsburského vyznania.
V roku 1673 sa ale situácia zvrátila v prospech katolíkov, keď získali naspäť skoro všetky kostoly. Medzi nimi aj ten vrútocký. V čase keď bola farnosť neobsadená, bola administrovaná zo susednej farnosti Sučany.
V roku 1710 prevzal vrútockú faru katolícky kňaz, ktorého meno žiaľ nepoznáme. Už v roku 1713 je ale vrútocká fara opäť neobsadená. Vtedy ju spravuje sučiansky farár Pavel Filovič. Po roku 1713 sa slúženie omší viac a viac obmedzovalo. Až v roku 1731 sa vo Vrútkach slúži omša len každú tretiu nedeľu. Podľa knihy cirkevných návštev z 12. augusta 1754 vieme, že vo Vrútkach sa konala omša len raz mesačne. Tento stav trval do roku 1761, kedy sa Vrútky stali filiálkou Sučianskej farnosti.
V roku 1817 sa na starom kostole zrútila časť strechy pod váhou snehu. Strecha vydržala len nad svätyňou. O kostol sa Vrútočania čoraz menej zaujímali. Až roku 1867, keď sa stal sučianskym farárom Jozef Palovič, sa začalo konať aj vo veci vrútockého kostola.
Farský kostol sv. Jána Krstiteľa bol postavený v roku 1905 v neogotickom štýle s pôdorysom v tvare latinského kríža. Kostol projektoval Ing. Jozef Pfinn, hlavný inžinier Košicko-bohumínskej železnice. Stavbou bol poverený Stanislav Zachar. Hlavným sponzorom bol Peter Ráth-Ruttkay.
Vrútocká farnosť bola opätovne osamostatnená v roku 1899, keď sa odtrhla od materských Sučian. Veriaci podali žiadosť vtedajšiemu banskobystrickému biskupovi Dr. Karolovi Rimelymu v prvej polovici roku 1899. Peter Ráth Ruttkay, čo by potenciálny patrón farnosti, prisľúbil pomoc a už nič nestálo v ceste erigovaniu farnosti v máji 1899. Prvým Vrútockým farárom sa stal Zoltán Halko.
V obnovenej farnosti postavili novú budovu fary na terajšej ulici Sv. Cyrila a Metoda. V roku 1905 bol postavený nový murovaný kostol Sv. Jána Krstiteľa, keďže dovtedajší kostol už nevyhovoval požiadavkám doby. Architektom kostola bol Jozef Pfinn, stavbu zrealizoval Stanislav Zachar. Hlavným sponzorom farnosti bol Peter Ráth Ruttkay. V čase stavby kostola bol dočasne postavený malý drevený kostolík. Novopostavený kostol bol požehnaný 1. októbra 1905 biskupom Alexandrom Radnaiom.
Z vďačnosti voči nemu je na okne vo svätyni vitráž svätého Petra. Keďže manželka dobrodincu bola Helena, na druhom okne je zobrazená matka cisára Konštantína sv. Helena s krížom v ruke.
Rímskokatolícky kostol Sv. Jána Krstiteľa bol postavený v r. 1905 v neogotickom štýle. Kostol, postavený na mieste ranogotického kostolíka, projektoval Ing. Jozef Pfinn, hlavný inžinier Košicko-bohumínskej železnice. Stavbou bol poverený Stanislav Zachar. Hlavným sponzorom bol Peter Ráth-Ruttkay, generálny riaditeľ Košicko-bohumínskej železnice. Keďže v roku vysviacky kostola mu zomrela dcérka Ilonka, na druhom okne je zobrazená Sv. Helena (maď. Ilona) s krížom v ruke. Kostol požehnal 1. októbra 1905 biskup Alexander Rudnai.
Kostol svätého Jána Krstiteľa vo Vrútkach slávnostným spôsobom posvätil (konsekroval) a do oltára vložil relikvie blahoslavenej sestry Zdenky Schelingovej, panny a mučenice 4. septembra 2011 X Mons. Tomáš Galis, žilinský biskup.
Liturgický priestor presbytéria kostola s osadením kamenného oltára, ambony a kríža navrhla akad. arch. Mária Sabová. Rekonštrukcia presbytéria bola prevedená v roku 2010. V kamennom oltári budú uložené ostatky bl. sestry Zdenky Schelingovej. Slávnostné posvätenie obnoveného kostola sa uskutočnilo v nedeľu 4. septembra 2011.
Postupom času sa menila budova fary, keďže v roku 1973 bola asanovaná pôvodná budova na ulici Sv. Cyrila a Metoda, nová fara bola na dnešnej Kalocsayovej ulici. Od roku 1987 vďaka pánovi farárovi Jánovi Ďuricovi, je budova fary na dnešnom mieste, na (Mlynskej ulici) Námestí S.
Dňa 14. februára 2008 Svätý Otec Benedikt XVI. zriadil Žilinskú diecézu a za prvého žilinského diecézneho biskupa vymenoval Mons. doc. ThDr. Tomáša Galisa, PhD. Farnosť Vrútky spolu s farnosťami Martin - mesto, Martin - Sever, Sučany a Turany boli odčlenené od Banskobystrickej diecézy a vytvorili Martinský dekanát, ktorý sa stal súčasťou novozriadenej Žilinskej diecézy.
Do farnosti Vrútky patria 3 filiálky: Martin - Priekopa, Lipovec a Turčianske Kľačany. Na území farnosti Vrútky žije približne 19 900 obyvateľov. Z toho katolíkov je 8 700, evanjelikov augs. vyznania 3 600, ostatní obyvatelia (7 600) sú zaradení do skupiny „bez vyznania“ alebo patria do menších skupín iných náboženských spoločenstiev.
Heraldický register Slovenskej republiky vedený na Ministerstve vnútra Slovenskej republiky sa oboznámilo so žiadosťou Rímskokatolíckej cirkvi, Farnosti Vrútky o zapísanie erbu tejto farnosti do Heraldického registra Slovenskej republiky. Heraldický register dňa devätnásteho februára roku dvetisícdesať preskúmal predložený návrh erbu a po konzultácií s pánom Jozefom Hanusom, generálnym štátnym radcom, riaditeľom Odboru archívov a registratúr Ministerstva vnútra Slovenskej republiky, zodpovedným za Heraldický register Slovenskej republiky, v jeho prítomnosti, ako aj v prítomnosti pána Zdenka Alexihi, člena Heraldického kolégia a akademika Medzinárodnej heraldickej akadémie konštatoval, že erb navrhnutý na zapísanie do Heraldického registra Slovenskej republiky rešpektuje všetky po stáročia zachovávané heraldické pravidlá erbovej tvorby a spĺňa všetky požiadavky na jeho zaregistrovanie a používanie.
Heraldický register preto touto erbovou listinou potvrdzuje, že erb Rímskokatolíckej Cirkvi, Farnosti Vrútky má túto podobu: v modrom štíte v červenom hrote ležiaci strieborný baránok prekrývajúci zlatý latinský ďatelinkovitý kríž; v pravom hornom rohu strieborné písmeno X, v ľavom hornom rohu strieborný dvojitý labovitý kríž so skrátenými spodným ramenami. Nad štítom čierny kňazský klobúk s jedným strapcom na každej strane. Baránok Boží a kríž symbolizujúci patrocínium kostola svätého Jána Krstiteľa, písmeno X v pravom hornom rohu pripomína svätého Františka Xaverského, patróna Banskobystrickej diecézy, kam farnosť v minulosti patrila a dvojitý kríž v ľavom hornom rohu korení v erbe novej Žilinskej diecézy a vyjadruje súčasnú príslušnosť farnosti do tejto diecézy. Čierny kňazský klobúk so šnúrami s jedným uzlom na každej strane predstavuje heraldické odlíšenie erbu farnosti v systéme erbových znamení používaných v Rímskokatolíckej Cirkvi.
Heraldický register Slovenskej republiky posúdil žiadosť o vystavení erbovej listiny a nezistil žiadne prekážky, ktoré by vydaniu listiny bránili. Erb Rímskokatolíckej Cirkvi, Farnosti Vrútky opísaný v tejto listine a farebne vyobrazený v jej strede je zapísaný v Heraldickom registri Slovenskej republiky pod signatúrou W - 174/2010. Tento erb, či už vo farebnej, čiernobielej, či inej podobe Farnosť Vrútky môže podľa heraldických zvyklostí používať na svojom majetku hnuteľnom aj nehnuteľnom, najmä na osobných listoch, pečiatkach, ex librisoch a pri všetkých iných vhodných príležitostiach. Ak by si však ktokoľvek iný privlastnil rovnaký erb ako ten, ktorý je tu opísaný a vyobrazený, má byť podľa starého erbového práva vystavený posmechu a opovrhnutiu.
Interiér
V presbytériu dominuje neogotický oltár s centrálnym reliéfnym zobrazením krstu Ježiša v Jordáne, na vrchole je ikonografické zobrazenie Boha Otca, ktorý je obklopený tromi cherubínmi. Nad scénou krstu sa nachádza symbol Ducha v podobe holubice, tak ako píše Evanjelium. Ján Krstiteľ je zobrazený vo svojej typickej ikonografickej podobe s pastierskou palicou, na ktorej je nápis Agnus Dei (Baránok Boží), lebo on tak označil Ježiša.
Po stranách sa nachádzajú sochy uhorských svätých kráľov Štefana a Ladislava. Po bokoch tabernákula sú malé reliéfy: vľavo scéna s Melchizedechom, kráľom Salema, ktorý prináša obetu chleba a vína, napravo zas obetovanie Izáka patriarchom Abrahámom. Oltár dopĺňajú zlaté symboly štyroch evanjelistov (človek (anjel), býk, lev, orol), ktorí sú rovnako zobrazení na štyroch obrazoch na stenách presbytéria (tieto obrazy boli na pôvodnej kazateľnici). Vo výklenkoch oltára sú postavy anjelov (na oltári je celkom zobrazených jedenásť anjelov).
Vľavo (pohľad od vchodu) je oltár Panny Márie Lurdskej, nad ktorým je na stene maľba zjavenia Panny Márie Bernadette Soubirousovej, na druhej strane sa nachádza oltár Božského Srdca s nástennou maľbou zjavenia Ježiša Márii Margite Alacoque v Paray-le-Monial. Na oknách od oltára vľavo (pohľad od vchodu) sú zobrazení: sv. Peter, archanjel Gabriel, sv. Ružena Limská, sv. František Assiský, sv. Cyril a Metod, sv. Alojz Gonzaga. Od oltára vpravo je sv. Helena, sv. Alžbeta Uhorská, sv. Ján Nepomucký, sv. Anna s malou Máriou, sv. Andrej Svorad a Benedikt, sv. Cecília.
Vzadu pod chórom sú malé sošky sv. Jozefa, sv. Antona Paduánskeho, sv. Terézie z Lisieux a sv. Júdu Tadeáša. Naľavo od vchodu sa nachádza starobylá socha bolestnej Márie - Pieta. V interiéri chrámu je zaujímavá neogotická krstiteľnica vedľa presbytéria, na stenách kostola je štrnásť zastavení krížovej cesty.
V areáli chrámu sa nachádza kovový misijný kríž, ktorý je kópiou kríža na vrchole veže.

Prehľad Farárov Vrútockej Farnosti:
| Roky | Farári |
|---|---|
| 1900 - 1903 | Zoltán Halko |
| 1903 - 1930 | Ján Komora |
| 1930 - 1941 | Juraj Miko |
| 1941 - 1949 | Anton Veselovský |
| 1949 - 1953 | Anton Prokian |
| 1953 - 1961 | Martin Láclavík |
| 1961 - 1963 | Jozef Weisz |
| 1963 - 1965 | Milan Krajan |
| 1965 - 1969 | Štefan Táska |
| 1969 - 1975 | Matej Zaťko |
| 1975 - 1980 | Jozef Závodský |
| 1980 - 1990 | Ján Ďurica |
| 1990 - 1990 | Ján Hanko |
| 1990 - 2003 | Vít Tužinský |
| 2003 - 2008 | Milan Žila |
| 2008 - 2019 | Jozef Petráš |
| 2019 - 2022 | Miroslav Hložný |
| 2022 - Súčasnosť | Jaroslav Dekan |