Obnovenie činnosti vojenských duchovných v Slovenskej republike prichádza v roku 1995. Myšlienka vytvoriť medzi armádnymi profesionálmi pozície aj pre duchovných sa začala rodiť v januári 1994, kedy sa dňa 21. 1. 1994 v zložení - Ján Sokol, trnavský arcibiskup-metropolita Slovenska, Dominik Hrušovský, pomocný biskup Trnavskej arcidiecézy a vtedajší minister obrany Imrich Andrejčák uskutočnilo na Ministerstve obrany SR prvé stretnutie vedúce k obnove Ordinariátu. Programové vyhlásenie vlády z marca 1994 uložilo ministrovi obrany vypracovať koncepciu duchovnej služby v Armáde SR.
Dňa 1. februára 1995, na základe rozkazu č. 36/1995 ministra obrany SR Jána Siteka vznikol Úrad vojenských duchovných. Dňa 21. augusta 2002 bola podpísaná zmluva medzi Slovenskou republikou a Svätou stolicou o duchovnej službe katolíckym veriacim v ozbrojených silách a ozbrojených zboroch Slovenskej republiky (č. 648/2002 Z. z.), ktorej cieľom bolo zabezpečiť podmienky na primeranú duchovnú starostlivosť pre katolíckych veriacich v rámci Ozbrojených síl SR, Policajného zboru SR a Zboru väzenskej a justičnej stráže (ZVJS).
Dňa 1. marca 2003 bol zriadený Ordinariát ozbrojených síl a ozbrojených zložiek Slovenskej republiky, v ktorého štruktúrach sú rímskokatolícki a gréckokatolícki vojenskí duchovní (spolu 22). Záujemcovia o inkardináciu do ordinariátu sa mali v roku vzniku tejto cirkevnej územnej jednotky po súhlase príslušného diecézneho biskupa prihlásiť do 30. mája 2003. Podmienkou bolo, aby nepresiahli vek 45 rokov života. Takíto záujemcovia boli pozvaní na osobný pohovor a každý z nich bol najprv prijatý na skúšobnú dobu jedného roka s tým, že zostáva inkardinovaný vo svojej diecéze.
Na základe Dohody medzi Slovenskou republikou a 11 registrovanými kresťanskými cirkvami a Ústredným zväzom Židovských náboženských obcí v Slovenskej republike o výkone pastoračnej služby ich veriacim v ozbrojených silách a ozbrojených zboroch podpísanej 28. apríla 2005, bolo. Na základe dohody, uzatvorenej 28. apríla 2005, ktorá je splnením požiadavky zakotvenej v Zákone 250/2002 Z.
Marek Trochan pôsobil v Ordinariáte ozbrojených síl a ozbrojených zborov Slovenskej republiky na viacerých pozíciách:
- Vojenská farnosť sv. Juraja Ordinariátu OS a OZ SR na veliteľstve posádky v Bratislave (1. 5. 2004 - 28. 2. 2005).
- Vojenská farnosť sv. Michala archanjela Ordinariátu OS a OZ SR na veliteľstve vzdušných síl vo Zvolene (1. 3. 2005 - ?).
Okrem neho v Ordinariáte pôsobili a pôsobia aj ďalší kňazi, ktorí vykonávajú duchovnú službu v rôznych vojenských farnostiach a útvaroch. Nižšie je uvedený prehľad niektorých z nich:
| Farnosť | Kňazi | Obdobie pôsobenia |
|---|---|---|
| Vojenská farnosť sv. Juraja, Bratislava | Michal Štang | 1. 1. 1996 - 28. 2. 2005 |
| Vojenská farnosť sv. Michala archanjela, Zvolen | Jozef Michňák, SDB | ? |
| Vojenská farnosť sv. Cyrila a Metoda, Nitra | František Krušinský | ? - 31. 12. 2023 |
| Vojenská farnosť Ducha Svätého, 53. | Stanislav Dulák | 2. 8. 2017 - 18. 7. 2024 |
V Rakúsko - Uhorskej armáde duchovnú službu riadi vojenský apoštolský poľný vikár. Po vzniku Československej republiky je zriadené Ministerstvo národnej obrany. V jeho rámci bola aj duchovná správa.
Okrem vojenských farností existujú aj policajné farnosti, ktoré zabezpečujú duchovnú službu pre príslušníkov Policajného zboru SR. Napríklad:
- Krajské riaditeľstvo policajného zboru v Bratislave: Policajná farnosť sv.
- Akadémia policajného zboru v Bratislave: Policajná farnosť sv.
V rámci Zboru väzenskej a justičnej stráže (ZVJS) existujú tiež farnosti, ktoré poskytujú duchovnú starostlivosť väzňom a zamestnancom. Príkladom je Ústav na výkon trestu odňatia slobody pre mladistvých v Sučanoch (ÚVTOS Sučany), kde pôsobí Farnosť sv. Jána Bosca.
