História farnosti a Chrámu sv. Egídia v Bardejove je nerozlučne spätá s históriou mesta. Prvou písomnou správou o existencii kostola na tomto území je listina kráľa Bela IV. z roku 1247, v ktorej sa spomínajú „fratres de Copryvnicza Cisterciensis ordinis apud Ecclesiam Sancti Egidii de Bardfa“ - bratia z rádu cistercitov z Koprivnice pri kostole sv. Egídia z Bardejova, ktorí tu založili kláštor a dostali od kráľa rozsiahle majetky.
Dnes, na základe výskumov procesu fundácie cistercitských kláštorov na území Uhorska vieme, že kláštor v Bardejove bol vybudovaný z iniciatívy kráľa Ondreja II. (1205 - 1235) na hranici kráľovstva, začiatkom 13. storočia. Rok, ani presné miesto založenia kláštora nie sú známe, ale jeho existenciu potvrdzujú miestne názvy: Mníchovský potok, Kláštorné lúky, i mestská časť „Za rajom“.
Je viac ako pravdepodobné, že pôvodný kláštor zničili pri svojom vpáde Tatári, ale, ako to dokazuje spomínaná listina z roku 1247, cisterciti ho obnovili. Roku 1269 sa cisterciti v dôsledku politických zmien v štáte na bardejovskom území už nenachádzajú a o osude chrámu ani územia Terra Bardfa niet žiadnych správ. Terra Bardfa sa postupne menila na osadu.
Vývoj farnosti v 14. storočí
Začiatkom 14. storočia daroval kráľ Karol Róbert už rozvinutú osadu Bardejov svojmu sprievodcovi, rytierovi Vavrincovi a jeho potomstvu (Laurentius Filius Laurentii et eius Heredes). V listine z roku 1320, ktorou kráľ udelil obyvateľom Bardejova privilégiá v platení daní, sa už spomína farár i richtár a Bardejov ako „Civitas Bardfa“. Obyvatelia sú povinní odvádzať farárovi polovicu desiatku.
O existencii chrámu sv. Egídia sa dozvedáme z listiny kráľa Ľudovíta I. z roku 1352, ktorou kráľ povolil mestu Bardejov výročný jarmok po dni sv. Egídia, patróna chrámu i mesta. Povýšenie Bardejova na slobodné kráľovské mesto na úrovni Budína a Košíc má tiež priamu súvislosť s chrámom a farnosťou. Zaiste by kráľ Ľudovít I. roku 1376 mestu Bardejov túto výsadu neudelil, keby nemalo chrám a farnosť na patričnej úrovni.
Výstavba Chrámu sv. Egídia
Údaje o čase začiatku a trvania výstavby chrámu sa rôznia. Niektorí autori datujú začiatok výstavby do konca 13. storočia, iní do polovice 14. storočia, čo je najpravdepodobnejšie. Všeobecne sa prijal názor, že základná časť chrámu - hlavná loď a bočné lode - bola dobudovaná ako trojloďová bazilika roku 1415.
Do veže, ktorej výstavba prebiehala v rokoch 1420 - 1427, boli inštalované vežové hodiny, druhé v poradí v Uhorsku.
