Kostol postavili ako ranogotické bezvežové jednolodie s kvadratickým presbytériom a severnou sakristiou niekedy okolo roku 1280, zrejme na mieste staršej stavby (archeologický výskum naznačil existenciu jej polygonálnej svätyne). Zo stredovekej stavby sa zachovala severná stena presbytéria s freskami a víťazný oblúk, západný múr lode a z malej časti aj severný a južný múr lode, južný múr presbytéria a východný múr sakristie.

História Kostola
História kostola sv. Mikuláša v Starej Ľubovni je bohatá a plná zmien. Kostol je dominantou námestia, a hoci koluje viacero teórií o jeho vzniku, najstaršie písomné zmienky o ňom siahajú do 13. storočia. Podľa niektorých dohadov mal kostol vyhorieť už v roku 1112, čo by naznačovalo jeho existenciu v tom čase.
Kostol prešiel viacerými stavebnými úpravami. Koncom 14. storočia sa realizovali maľby. V prvej polovici 17. storočia pristavali ku kostolu Kaplnku sv. Anny a okolo polovice 17. storočia pribudla ďalšia kaplnka k južnej stene presbytéria. Už v 80. rokoch 17. storočia sa realizovalo ďalšie významné rozšírenie chrámu, keď k južnej kaplnke dostavali južnú loď rovnakej dĺžky ako pôvodná loď a na mieste staršej sakristie postavili novú. V roku 1738 a v nasledujúcom období došlo k ďalšej rozsiahlej prestavbe kostola, keď bola kaplnka sv. Anny predĺžená až po západné priečelie lode, čim sa funkčne zmenila na severnú loď chrámu. V tom čase dostal kostol aj súčasnú vežu. Koncom 18. storočia upravili fasádu kostola klasicisticky a koncom 19. storočia prispôsobili vtedajšiemu historizujúcemu vkusu. Veža na západnej strane dostala v prvej tretine 19. storočia železným empírovým zábradlím.
Architektúra a Interiér
Pôdorys kostola je takmer štvorcový, trojloďový s vybiehajúcim presbytériom, vežou a jej prístavbami po stranách. Kostol má na západnej strane predstavanú hranolovú vežu, cez ktorej podvežie vedie hlavný vstup. Z hnuteľného vybavenia je to hodnotná kamenná krstiteľnica zo 16. storočia a viacero neskorogotických náhrobných kameňov.
V interiéri kostola sa nachádza 7 oltárov a mobiliár je prevažne barokový. Medzi najvýznamnejšie prvky interiéru patria:
- Hlavný oltár sv. Mikuláša: Barokový oltár z druhej polovice 18. storočia s olejomaľbou sv. Mikuláša a plastikami sv. Štefana, sv. Ladislava, sv. Augustína a sv. Gregora.
- Bočný oltár P. Márie Škapuliarskej: Barokový oltár z druhej polovice 18. storočia s reliéfom P. Márie Škapuliarskej a plastikami sv. Dominika a sv. Karola Boromejského.
- Bočný oltár Ukrižovaného Krista: Oltár z roku 1720 s plastikou Ukrižovaného Krista a erbom rodiny Lubomírskych.
- Krstiteľnica: Neskorogotická kamenná krstiteľnica zo začiatku 16. storočia.
- Kazateľnica: Rokoková kazateľnica z druhej polovice 18. storočia.
V bočnom oltári sv. Rodiny je napríklad umiestnená vrcholnogotická socha Madony z čias okolo roku 1360, známa ako Madona z Ľubovne. Zo 16. storočia pochádza plastika Krista na kríži a kamenná krstiteľnica.
Obnova Kostola
Objekt prešiel od svojho vzniku trinástimi zásadnými a zdokumentovanými stavebnými prestavbami. Celková obnova rímskokatolíckeho kostola sv. Mikuláša v Starej Ľubovni prebiehala v rokoch 2018 až 2022 a bola v poradí 14. stavebnou obnovou od konca 13. storočia. Kvôli finančnej náročnosti sa investor rozhodol rozdeliť práce postupne do troch etáp. Práce pozostávali z obnovy exteriéru - fasád, strešnej krytiny aj s vežou kostola a z obnovy interiéru, vrátane návrhu nového mobiliáru.
Architekt Tomáš Bujna preukázal ucelený architektonický koncept, vychádzajúci z podrobných architektonicko-historických, archeologických a reštaurátorských výskumov. Ich závery priniesli viacero objavov, ktoré architekt prezentuje vo výslednom návrhu. Nový vstup z exteriéru sprístupňuje jednu zo štvorice krýpt, v interiéri nájdeme odkryté nástenné maľby zo 14. storočia. Návrh zjednocuje a racionalizuje priestor kostola, necháva vyniknúť pôvodné prvky, doplnené o nový autorský mobiliár.
Etapy obnovy:
- Prípravná etapa: Vybavovanie povolení, dokumentov, spracovanie výskumov (architektonicko-historický, dendrochronologický, reštaurátorský, archeologický, posudok sanácie, georadarový prieskum).
- Obnova fasád, veže, striech a okolia kostola: Obnova fasád, veže, striech a bezprostredného okolia kostola so vstupom do krypty.
- Obnova interiéru: Návrh novej podlahy s vykurovaním, reštaurovanie lavíc, návrh nových spovedníc a liturgického mobiliáru.
Počas obnovy boli nájdené nástenné maľby zo 14. storočia a objavené štyri krypty a dve hrobové miesta. Do jednej - dvojkomorovej krypty - bol vytvorený nový vstup z exteriéru. V časti presbytéria a v bočnej južnej lodi boli objavené a obnovené maľby zo 14. storočia.
Súčasnosť
V súčasnosti Kostol sv. Mikuláša v Starej Ľubovni naďalej slúži ako dôležité centrum duchovného života v meste. Okrem pravidelných bohoslužieb sa tu konajú aj rôzne kultúrne podujatia a koncerty. Kostol je otvorený pre verejnosť a je obľúbeným cieľom turistov, ktorí obdivujú jeho bohatú históriu a krásnu architektúru.
Vo farskom Kostole sv. Mikuláša v centre Starej Ľubovne už začali s rekonštrukciou barokovej kazateľnice. Na samotnú obnovu kazateľnice farnosť získala grant vo výške 27-tisíc eur prostredníctvom iniciatívy jednej z bánk na Slovensku. Ako ďalej povedal dekan farnosti Pavol Lacko, reštaurujú sa aj lavice a vykonávajú sa viaceré prípravné práce.