Táto etapa futbalu vo Svätom Jure mala aj dobré, ale aj zlé obdobia. Klub prebrali noví funkcionári, ktorí sa snažili pri minimálnych prostriedkoch udržať klub nad vodou a to aj za spolupráce s mestom Svätý Jur a primátorom, ktorý bol podpredsedom ŠK.
Klub zo začiatku prežíval zasa len vďaka obetavosti funkcionárov a ochote pána Jána Poláka, ktorý vykryl náklady na chod klubu zo svojich prostriedkov. Boli pripravené a schválené nové „Stanovy ŠK Svätý Jur“, členská schôdza zvolila nových funkcionárov.
Všetky prostriedky sa venovali aj výchove mládeže, čo bola priorita. Za tým účelom sa spolu s mestom a SFZ podarilo zabezpečiť MINI-ihrisko s umelým povrchom.
Eufória fanúšikov vyvrcholila, keď v roku 2004 dokonca mužstvo seniorov skončilo na prvom mieste v majstrovskej súťaži III. triedy.
Mládežnícke družstvá úspešne reprezentovali ŠK a mesto. Starší žiaci sa zúčastnili v r. 2006 turnaja v maďarskom Györi, kde z 18 družstiev celej Európy obsadili 3. miesto a na turnaji v družobnom meste Miroslav v ČR v r. 2007 obsadili 2. miesto aj medzi tamojšími ligovými družstvami. Mladší žiaci úspešne absolvovali každý rok Memoriál M.Paliatku vo Svätom Jure.
Na športovom poli sa aj vďaka terajšiemu predsedovi a trénerovi v jednej osobe Petrovi Kučerkovi začalo dariť „A“ mužstvu seniorov, ktoré postúpilo v r. 2010 do III.ligy BFZ a „B“ mužstvo si po opätovnom založení počínalo v VI. lige pomerne dobre keď skončilo na peknom druhom mieste. Družstvo dorastu bojovalo úspešne v III. lige.
Príkladne si ešte počínali aj kolektívy starších žiakov, mladších žiakov a prípravky, hlavne z dôvodu priorít tejto kategórie v minulých rokoch a kvalitného trénera, ktorý sa im venoval.
Mládežnícky futbal vo Svätom Jure
Pre lepšiu prehľadnosť uvádzame zhrnutie úspechov ŠK Svätý Jur v tabuľke:
| Rok | Družstvo | Súťaž/Turnaj | Umiestnenie |
|---|---|---|---|
| 2004 | Seniori | Majstrovská súťaž III. triedy | 1. miesto |
| 2006 | Starší žiaci | Turnaj Györ, Maďarsko | 3. miesto |
| 2007 | Starší žiaci | Turnaj Miroslav, ČR | 2. miesto |
| 2010 | "A" Mužstvo | Postup | III. liga BFZ |
| 2010 | "B" Mužstvo | VI. liga | 2. miesto |